A Comissão Própria de Avaliação da FAAr foi designada pela Portaria no 29/04, de 07 de junho de 2004, com o objetivo de atender as orientações do Sistema Nacional de Avaliação do Ensino Superior – SINAES, o qual foi instituído pela Lei nº. 10.861, de 14 de abril de 2004 do Ministério da Educação.
Em 2004, com o objetivo de conduzir os processos de avaliação internos das IES, o Instituto Nacional de Estudos e Pesquisas Educacionais Anísio Teixeira (INEP) criou a Comissão Própria de Avaliação para sistematizar os critérios e estratégias para a reformulação dos processos e políticas de avaliação da educação superior no país.